У органској пољопривреди није дозвољена употреба синтетских препарата и вештачких ђубрива. У органској биљној производњи се користе органска и нека природна минерална ђубрива. Органска ђубрива су незаменљива у исхрани биљака и за поправку физичких, хемијских и биолошких особина земљишта.
У њих се убрајају: стајњак, осока, компост, глистењак, тресет, зеленишно ђубрење, помије, пиљевина, меласа, морске алге, а ту могу да се уврсте и микробиолошка „ђубрива” на бази бактерија и других микроорганизама. Без обзира које органско ђубриво се користи, оно мора да буде без остатака пестицида, хормона и тешких метала, као и без семена корова и штеточина.
У органској пољопривреди и ђубрива мора да буду из органске производње. Нужни су чистоћа и квалитет органских ђубрива, јер у супротном могу да загаде земљиште, воду и биљке. У нашој земљи се највише користи говеђи стајњак, зато што је најприступачнији и најлакши за рад. Стајњак је комплетно ђубриво, које веома повољно утиче и на физичке, хемијске и биолошке процесе у земљишту, па тако и на висину и стабилност приноса. Приликом редовне примене стајњака, честице земљишта постају везаније и отпорније на ерозију ветром и водом.
Истовремено, повећава се способност задржавања воде, растреситост и порозност, па се земљиште лакше обрађује. Повећан садржај ваздуха у зони кореновог система повећава његову активност, а тиме и крајњи резултат – принос. Количина примене зависи од плодности земљишта, што се одређује на основу хемијске анализе, али то је у просеку 30-40 тона по хектару. Просечан састав стајњака је: 0,3-0,6 % азота, 0,1-0,4 % фосфора и 0,3-1 % калијума, а од тога је пола растворљиво у води. Најбоље га је унети заоравањем, али може да се растури по површини као малч или да се плитко унесе вилама.
Хранива из стајњака се ослобађају постепено и зато има продужено дејство 3-4 године, па зато није потребно ђубрење стајњаком сваке године, већ сваке треће. Често орање и остављање голог земљишта није пожељно у органској земљорадњи, па је зато најбоље уносити стајњак пред сетву. Пошто је код нас присутан тренд брзог опадања броја грла у сточарству, па у недостатку стајњака врло је практично применити зеленишно ђубрење. Оно подразумева гајење неке брзорастуће биљке као предусев, међуусев или накнадни усев, па када она достигне пуни пораст треба је заорати.
Најчешће се сеју уљана репица, грахорица, лупина, детелине, раж, јечам, сточни грашак, фацелија итд. Зеленишно ђубриво обогаћује земљиште највише азотом из зелене масе, а легуминозе још и уз помоћ симбиотских бактерија у својим квржицама на корену усвајају атмосферски азот. Од природних минералних ђубрива се користе: Томасов фосфат, дрвени пепео, коштано брашно, брашно од копита и рогова, зеолит, гранитни прах, кречњак, доломит и гипс.
Кречна ђубрива са калцијумом се користе углавном за неутрализацију киселих земљишта и за побољшавање његове структуре. Брзоделујући извори калцијума – живи и гашени креч, нису дозвољени јер делују штетно на микроорганизме у земљишту. Задњих година се све више примењују препарати на бази микроорганизама, који се погрешно називају микробиолошка ђубрива, јер у себи не садрже класична хранива, већ пре свега бактерије, али и гљивице, актиномицете, алге, квасце итд. који из кристалне решетке минерала у земљишту усвајају поједине макро и микроелементе и стављају их у земљишни раствор на располагање гајеној биљци.
Од домаћих препарата се користе Славол, Уникер, Биофор, Екстрасол, али има и много увозних. Најраније коришћени препарати са симбиотским азотофиксаторима за третирање семена соје и осталих легуминоза пре сетве су Нитрагин и Азотофиксин.
Сања Миловановић Миленковић